13. Egyes jogszabályi változások (pl. az új Áfa-törvény) hátrányosan érintették a Testületet, illetve többletadminisztrációt jelentettek, miközben az utóbbi időszakban - a bíróságok általi díjfizetési rend módosulása miatt - az amúgy is alacsony összegű szakértői díjak átfutási ideje is rendkívüli mértékben kitolódott. Sok esetben hosszú hónapokat, vagy akár két évet is kell várni egy bírósági kirendelés alapján elkészített szakértői vélemény ellenértékének az átutalására. Külön gond, hogy úgy látszik, a bíróságok és a bírósági gazdasági hivatalok között nincs megfelelő információáramlás. Sok esetben a Testületnek kell "közvetíteni" a bírósági intézmények között, pótolni a többszörösen elveszett, elkallódott számlákat, díjjegyzékeket, stb. Továbbra is szembesülünk a bíróságok olyan kéréseivel, hogy a Testület járjon el a felek (alperes, felperes) irányában a kintlévőségként kezelt szakértői díjak behajtása érdekében. Erre a lépésre a Testületnek se jogszabályi lehetősége, se apparátusa nincsen.
14. Az MSzH elnöke 2008-ban az IRM-hez fordult azzal a kérdéssel, hogy az MSzH mellett működő testületek, tanácsok az iratkezelési szabályok alkalmazása tekintetében közfeladatot ellátó szervnek minősülnek-e vagy sem. Az IRM válaszának a lényege az, hogy a Testület közjogi közfeladatot lát el az igazságszolgáltatásban és a hatósági eljárásokban való közreműködése során, következésképpen az elektronikus ügyintézés részletes szabályairól szóló 193/2005. (IX. 22.) Korm. rendelet hatálya kiterjed rájuk, így az SzJSzT-re is.
15. A fentiekből elvileg az is következhet, hogy csak a magánfelek, magánmegbízók részére végzett tevékenység minősül gazdasági szolgáltatásnak, és csak ezután kell az áfát megfizetni, a közfeladatok ellátása tekintetében nem. Ennek a lehetséges jogértelmezésnek a megerősítésére, az MSzH 2008 októberében állásfoglalást kért a PM-től. Az MSzH utalt az Áfa-törvény új, 57. §-ának (2) bekezdésére, amely szerint "[b]írósági vagy más hatósági eljárás keretében bíróságnak vagy más hatóságnak nyújtott szolgáltatás esetében, ha az ennek fejében járó ellenértéket a bíróság vagy más hatóság határozattal (végzéssel) állapítja meg, teljesítés az ellenértéket megállapító jogerős határozatnak (végzésnek) a szolgáltatás nyújtójával történő közlése." E rendelkezés ürügyén a bíróságok csak akkor fogadják be a szakértői vélemény ellenértékeként megküldött MSzH-számlákat, miután értesítést küldtek a szakértői díjra vonatkozó végzés jogerőre emelkedéséről. Mindez az amúgy is alacsony összegű szakértői díjkifizetések további elhúzódásával jár. A PM - kikérve az IRM véleményét is - 2009 februárjában kelt levelében azt közölte, hogy a közhatalmi jelleg csak a közvetlen közhatalmi jogosítványgyakorlás esetén állapítható meg, viszont a szakértői tevékenység önmagában nem tekinthető közhatalmi tevékenységnek. A másik kérdésre a PM úgy foglalt állást, hogy ".az Áfa-törvény hivatkozott rendelkezése mindenféle aggály nélkül alkalmazható, a jelzett problémára pedig megoldást adhat, ha a Testület a bíróságok felé a díjigényét egy, a szakértői díjjegyzékhez hasonló jegyzékben nyújtja be a bíróságnak, és a számlát már a jogerős döntésnek megfelelően állítja ki." A felvetett és megalapozott problémákra adott válaszok nem jelentenek megoldást. A szakértői díjak körüli problémákat, amelyekről, a fentiekre figyelemmel, sem a Testület sem az MSzH nem tehet, egyre gyakrabban vetik fel az eljáró tanácsok tagjai. Felmerül annak a veszélye is, hogy - miután a szakértők, a tevékenységüktől független okokból, nem számíthatnak a nekik járó díjuk reális időn belüli kifizetésére - nehezebbé válik megfelelő tanácsok kijelölése.
16. A ténykérdésekre szorítkozó megkeresések visszautasítása ügyében a testület elnöke 2008 júniusában ugyancsak állásfoglalást kért és kapott az IRM-től. Az IRM illetékes szakállamtitkárának válasza szerint az Szjt. nem ad lehetőséget arra, hogy a csak ténybeli kérdések megválaszolására irányuló megkereséseket a Testület elutasítsa. Erre csak abban az esetben van mód, ha azoknak sem a Testület, sem a megkereső hatóság eljárásában nincs közvetlen szerzői jogi folyománya. Egyébként a Testületnek a megkeresést be kell fogadnia. A Testület ennek ellenére a megkereső hatóságok meggyőzése útján megpróbálja visszautasítani ezeket a - döntően rendőrhatóságoktól érkező - megkereséseket. Ez a megoldás a gyakorlatban is működni látszik, ami előnyös a szakértői vélemények költségszintje szempontjából is (viszont hozzájárul a tanácsok elé kerülő ügyek számának a csökkenő tendenciájához).